واتهم مرقص عبد الفتاح السيسي، بالتخاذل عن نصرة الأقباط في مصر، وأنه خان اليد التي ساعدته في الوصول إلى حكم مصر، مضيفاً أن السيسي يشاهد الأقباط وهم يذبحون في مصر، ولا يلتفت إليهم ويستمع إلى برهامي وشيخ الأزهر.
وواصل مرقص انتقاده وعتابه الحاد للسيسي وقال “انتخبناك ظنًا منّا بأنك الأمل المرجو ولكن أحداث العنف تصاعدت ضد الأقباط بشكل غير متوقع، أنت فين وهتودينا لفين؟ أنت فاكر إنك لما تزور الكنيسة تبقى مشاكل الأقباط اتحلت؟ السيسي أسوأ رئيس جه مصر، خدعنا وإحنا صدقنا”.